火影忍者手游中的副本选择需要根据小队成员的战力水平、忍者阵容搭配以及副本奖励需求进行综合考量。当前游戏内主要副本类型包括剧情副本、精英副本、小队突袭和忍界大战团本，每种副本的难度机制与掉落奖励存在显著差异。
小队突袭作为唯一组队玩法副本，产出秘卷碎片和忍玉等关键资源，建议每天优先完成。该副本支持三人组队，队长可设置密码和掉落倍数，最新版本优化了队友死亡后的继续挑战机制。烈炎秘境与毒风秘境是小队突袭的核心内容，前者推荐战力12-26万，后者要求49-65万战力，修罗难度会掉落传说品质饰品。队伍配置应包含至少一名具备清怪能力的忍者，如须佐能乎鼬或秽土三代。
忍界大战作为12人团队副本分为四个阶段，需要合理分配三个小队应对不同机制。第一阶段需击杀150个白绝并随机遭遇融合白绝、秽土迪达拉等首领；第二阶段每组需独立应对忍刀七人众，其中河豚鬼需要快速清小怪解除防御状态；最终阶段对抗金角银角时，必须优先削弱阿斯玛来降低BOSS强度。该副本掉落稀有忍具，套装属性对战力提升显著。
精英副本的挑战重点在于BOSS机制破解，第八章后关卡如红、凯等忍者副本需要特定打法。对阵漩涡鸣人副本时，建议使用春野樱通过少女步伐接铁球陷阱实现连续控制，注意识别本尊脚下的黄色光圈。精英副本三星通关要求保持70%以上血量，可消耗扫荡券重复获取忍者碎片，但每日体力分配需兼顾装备进阶材料的获取。
副本进度规划应当结合每日体力分配与活动周期。中午11点至1点、下午5点至7点的活动时段可领取额外体力，生存挑战和积分赛等日常任务提供的铜币与声望也不容忽视。新建角色前七天应集中完成新忍许愿活动获取迪达拉，并通过精英副本积累红和凯的碎片。战力瓶颈期可通过强化饰品和忍具突破，优先选择暴击、攻击加成的属性组合。
长期玩家需关注游戏版本更新带来的副本调整，例如最新开放的岛龟试炼玩法对忍者控制技能有特殊要求。组织技能强化材料可通过集结副本获取，每日两次挑战机会建议选择疾风传小李等发育型忍者。副本选择本质上是对时间收益比的优化过程，需要根据当前战力阶段和资源缺口做出动态调整。
