在保卫萝卜3中可使用的武器主要有风扇、瓶子、飞机、章鱼、雪球、太阳、鱼刺、蘑菇、雷达、手电筒等，不同武器在攻击范围、伤害类型、攻击节奏和适配场景上差异显著，合理搭配能大幅提升闯关通关效率。
风扇是游戏中前期极易获取且泛用性极高的群体攻击武器，攻击范围以自身为中心的圆形区域，能对范围内敌人造成持续的范围伤害，尤其适合清理密集的小怪群，还可通过升级提升伤害和攻击范围。瓶子则是单体输出的核心武器之一，攻击直线范围内的敌人，伤害集中且暴击概率较高，升级后能解锁穿透效果，可同时攻击多个目标，是对付血量厚实的精英怪和BOSS的主力，常被布置在关卡关键路径的拐角处实现输出最大化。
飞机属于远程攻击武器，攻击范围为全屏且优先攻击血量最高的敌人，升级后可触发范围爆炸伤害，对移动速度快的敌人和空中单位有显著克制效果，不过前期建造成本较高，需搭配低成本武器过渡使用。章鱼武器的攻击范围为扇形区域，能对敌人造成减速效果，配合高伤害武器可大幅提升敌人的停留时间，让输出武器打出更多伤害，是关卡中控制流玩法的核心搭配之一。
雪球武器主打群体控制，攻击范围内的敌人会被减速，升级后还能附带冰冻效果，可短暂冻结敌人行动，适合应对大量小怪冲脸的场景，尤其在集市、工厂等关卡的后期波次能发挥关键作用。太阳武器则是范围持续伤害的代表，攻击范围内会持续释放火焰伤害，对敌人造成灼烧效果，且伤害会随时间叠加，搭配风扇等群体武器能形成高效的清场组合，对血量中等的小怪群有极强的压制力。
鱼刺武器针对机械类敌人有额外伤害加成，攻击速度快且能穿透敌人，升级后可触发连锁电击，是工厂、集市等机械敌人为主关卡的必备武器。蘑菇武器能对范围内敌人造成中毒伤害，伤害持续累积且建造成本较低，前期可快速建立输出优势，后期可作为辅助武器搭配主力输出使用。雷达武器攻击范围广且能穿透障碍物，升级后可解锁锁定功能，能精准追踪并优先攻击高血量目标，适合破解敌人密集且有障碍物的关卡布局。
